Bardzo istotnym elementem funkcjonowania chronionych oznaczeń geograficznych i nazwy pochodzenia jest system kontroli. Właściwe organy przeprowadzają ich dwa rodzaje: kontrole zgodności ze specyfikacją oraz kontrole urzędowe.

Kontrola zgodności ze specyfikacją
Aby zgodnie z prawem używać chronionej nazwy produktu tradycyjnego lub regionalnego konieczne jest poddanie się takiej kontroli. Jest ona przeprowadzana na wniosek producenta, który również dokonuje wyboru konkretnej instytucji kontrolującej, oraz ponosi jej koszty. Polega ona na ocenie czy produkt wytwarzany jest zgodnie ze specyfikacją, czy spełnia wszystkie wymogi. Sprawdzany jest stan faktyczny na miejscu produkcji i przetwarzania danego wyrobu.
Zakres, częstotliwość i dokładny rodzaj postępowania zależy od specyfiki produktu. W przypadku ChOG i ChNP kontrolowany jest głównie związek z miejscem wytwarzania. Jeśli chodzi o produkty oznaczone GTS, oceniane są przede wszystkim te etapy ich produkcji, które świadczą o unikalnym charakterze danego wyrobu.

Kontrola urzędowa
Kontrola urzędowa zapewnia, że zarejestrowane nazwy są chronione przed bezprawnym wykorzystywaniem ich w celach komercyjnych, przed imitacją, aluzją lub zawłaszczeniem, oraz wszelkimi praktykami mogącymi wprowadzić w błąd konsumentów co do prawdziwego pochodzenia danego produktu. Kontrola taka ma również na celu sprawdzenie, czy artykuły rolno-spożywcze są składowane lub transportowane w sposób zapewniający zachowanie ich odpowiedniej jakości.

Organy i instytucje przeprowadzające kontrole produktów regionalnych i tradycyjnych:
1. Minister właściwy ds. rynków rolnych - upoważniający jednostki certyfikujące, do przeprowadzania kontroli, wydawania i cofania certyfikatów potwierdzających zgodność procesu produkcji produktów posiadających chronioną nazwę pochodzenia, chronione oznaczenie geograficzne lub gwarantowaną tradycyjną specjalność ze specyfikacją;
2. Główny Inspektor Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych - sprawujący nadzór nad upoważnionymi przez ministra właściwego ds. rynków rolnych jednostkami certyfikującymi;
3. Wojewódzki Inspektor Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych - przeprowadzający kontrolę zgodności procesu produkcji produktów rolnych i środków spożywczych posiadających chronioną nazwę pochodzenia, chronione oznaczenie geograficzne lub będących gwarantowaną tradycyjną specjalnością ze specyfikacją;
4. Upoważnione jednostki certyfikujące przeprowadzające kontrole oraz wydające i cofające certyfikaty zgodności.

Minister Rolnictwa i Rozwoju Wsi upoważnił pięć prywatnych jednostek certyfikujących do przeprowadzania, wydawania i cofania certyfikatów potwierdzających zgodność ze specyfikacją procesu produkcji produktów rolnych i środków spożywczych posiadających chronioną nazwę pochodzenia, chronione oznaczenie geograficzne lub będących gwarantowaną tradycyjną specjalnością w pełnym zakresie akredytacji (według stanu na dzień 08 stycznia 2009 r.).

PNG Sp. z o.o.
Zajączków
26-065 Piekoszów
tel./fax. (41) 306 40 00
www.png.ecofarm.pl

Polskie Centrum Badań i Certyfikacji S.A.
ul. Kłobucka 23 A
02-699 Warszawa
tel. (22) 464 52 00
fax. (22) 647 12 22
www.pcbc.gov.pl

COBICO Sp. z o.o.
ul. Grzegórzecka 77
31-559 Kraków
tel. (12) 632 35 71
fax. (12) 416 36 46
www.cobico.pl

BIOCERT MAŁOPOLSKA Sp. z o.o.
ul. Lubicz 25 A
31-503 Kraków
tel./fax. (12) 430 36 06
www.biocert.pl

TUV Rheinland Polska Sp. z o.o.
ul. 17 Stycznia 56
02-146 Warszawa
tel. (22) 846 79 99
fax. (22) 868 37 42
www.tuv.com/pl